目前市場凍干機的的控制系統分為兩種一種是手動，另一種是自動，針對機器的不同選擇不同的控制系統，手動適用于全部的凍干機控制，而自動控制就不同。例如：實驗室用的小型鐘罩式凍干機就不適宜用自動控制系統，因為預凍結段和抽真空階段是需要手動來完成的，
一、關于凍干機的自動控制系統
許多凍干機帶有自動控制系統，并同時兼備有手動控制功能，但自動控制的方式上各制造廠之間有很大的差別，用戶必須弄清楚。
所謂凍干機的自動控制應該包括二個部分，一是凍干機的各設備按凍干工藝要求在規定的時間自動走停，二是凍干箱板層溫度按凍干曲線要求自動跟蹤，整個凍干進程不需要人工操作，當然如果需要也可人工干預。但有些凍干機的自動控制是不完全的，僅能自動跟蹤凍干曲線，其余部分需人工操作。
有些凍干機的自動控制僅能到凍干結束，凍干結束之后的箱內壓塞、冷凝器除霜以及蒸汽消毒不能自動進行，需要人工操作，特別是蒸汽消毒部分，因涉及到許多閥門控制，人工操作比較麻煩，應該選擇自動消毒程序的凍干機。有些凍干機的自動控制是使用專用微機，操作、編程方便，顯示的語言是凍干專用語言，還帶有熒光屏，打印機和軟盤，能同時儲存幾十個凍程序，每個程序內容可顯示，整個程序內容可由打印機打出。而有凍干機的自動控制使用的是一種儀表，操作、編程均較麻煩，可儲存的凍干程序也較少。記錄儀表對凍機來說也是一個很重要的儀器，它能把整個凍干的實際過程真空地記錄下來，以便日后存查，記錄儀表大都采用多點記錄儀，它既能打點，又能直接進行文字記錄，還有數字顯示系統。用戶應了解清楚之后，根據具體情況選訂。
二、凍干機的中間取樣裝置，共晶點測定裝置，自動進出箱裝置和冷卻水裝置
有些廠家的凍干機可以安裝中間取樣裝置，在凍干機過程中不破壞真空的情況下取出樣品進行觀察和測試，以決定凍干工藝。
有些廠家的凍干機配備有共晶點測定裝置，可以在預凍過程中測知產品的共晶點，在升華過程中監視產品是否發生熔化。
有些廠家的凍干機可以配備自動進箱和出箱的裝置，以減輕營勞動力，并保證產品不被污染。 有些中小型的凍機，用風冷不合適，配上冷卻塔循環又麻煩，則可以配備冷卻水循環裝置，這種裝置內部裝有水泵，水箱和冷凍機，它可與凍干機需要冷卻水的部份構成循環，由冷凍機維持所要求的水溫。
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